当事人自愿原则

这是由人事争议仲裁调解本身的性质决定的。该项原则有两层含义：其一，在程序上，是否以调解的方式解决纠纷，须当事人自愿。根据人事争议仲裁的性质，调解是人事争议仲裁的必经步骤。但当人事争议仲裁机构提出调解的建议后，一方或双方当事人坚决不同意调解时，人事争议仲裁机构应及时做出裁决，做到“能调则调，当裁则裁”。其二，在实体上，是否达成调解协议，须尊重当事人的意愿。不得用任何强迫或变相强迫的方法，迫使当事人接受调解。

查明事实、分清是非的原则

查明事实是指查明能够引起人事关系建立、变更、解除的法律要件事实。依此并根据人事法律法规政策对有争议的人事关系（当事人之间的权利义务关系）作出判断，分清当事人的是非责任。只有这样，人事争议仲裁机构才能抓住人事争议争执的焦点，才能有针对性地进行调解，才能使当事人对调解信服，才能使矛盾得到真正的解决。

符合人事法律法规政策的原则

    这是指人事争议仲裁机构调解在程序上要遵循法律程序，形成的调解协议不可违反人事法律法规政策。人事争议仲裁机构在主持调解的过程中要把符合人事法律法规政策的原则贯彻始终。如果是当事人自行协商达成的协议，要求仲裁机构制作调解书,人事争议仲裁机构必须对该协议进行审查,认为符合人事法律法规政策规定的,才能给予认可。不符合人事法律法规政策规定,损害国家、社会和他人合法权益的不予认可。同时要指出错误,讲清法律法规人事政策的要求,然后引导当事人继续协商,以求达成符合人事法律法规政策的调解协议。